A maior parte das actividades do Projecto desenvolve-se no âmbito de 4 Working Groups (WG), definidos de acordo com as principais linhas de investigação (Portugal, Atlântico, Brasil, Índico). Os quatro responsáveis pelos WG formam um Management Committee (MC), sob a coordenação global do Investigador Responsável do Projecto.
Paralelamente às principais linhas de investigação, outras tarefas específicas (a construção e manutenção do website e de bases de dados, a preparação de edições, a organização de reuniões científicas, etc.) são cometidas a pequenos grupos de trabalho.
Management Committee:
José Vicente Serrão (I.R.), Eugénia Rodrigues, Márcia Motta, Rute Gregório.
WG1 (Portugal):
José Vicente Serrão, Bárbara Direito.
WG2 (Atlântico):
Rute Gregório, Graça Delfim.
WG3 (Brasil):
Márcia Motta, Fernando G. Lamas, Joana Medrado Nascimento, Marina Machado, Rafael Chambouleyron.
WG4 (Índico):
Eugénia Rodrigues, Ângela Barreto Xavier, Bárbara Direito, José Vicente Serrão, Susana Münch Miranda.